Effectivement, dans les propriétés j'ai des non-manifolds, je ne vois pas pourquoi, mais bon... Ce qui est amusant, c'est que les bords libres n'apparaissent pas avant d'avoir /décomposer puis /joindre.
Alors n'en déplaise aux adeptes de la rigueur géométrique, un petit déplacement, de l'ordre de la valeur de tolérance, des volumes avant les opérations booléennes, et ça le fait.